Rokottamiseen liittyy aina rokotusreaktion mahdollisuus. Osa rokotuksista voi aiheuttaa reaktioita, jotka yleensä menevät ohi itsestään muutamassa tunnissa tai parissa päivässä. Rokotuskohtaan voi muodostua turvotusta, joka yleensä on suurimmillaan noin 48 tunnin kuluessa rokotuksesta ja häviää sitten vähitellen viikkojen kuluessa.
Yleisimpiin rokotteiden haittavaikutuksiin kuuluvat rokotuksen jälkeen esiintyvä kuumereaktio, huonovointisuus, paikalliset oireet kuten punoitus, kuumotus tai turvotus pistospaikalla, kipu ja joissakin tapauksissa lievät allergiset reaktiot.